Pesantren yang lebih dikenal dengan nama dayah di daerah Aceh merupakan lembaga pendidikan, dakwah dan pengabdian masyarakat yang pertama ada di Indonesia. Dalam perjalanan sejarahnya dengan fungsi dan peranan tersebut, pondok pesantren telah diakui masyarakat sebagai lembaga pendidikan yang memberikan bimbingan dan keteladanan untuk kemaslahatan umat manusia. Selain itu dayah juga telah memainkan peran yang cukup signifikan sebagai agen perubahan (agent changes) dan pembangunan masyarakat. Sebagai wujud perhatian pemerintah dalam rangka pengembangan pesantren
dan meningkatkan daya guna lulusan pesantren dalam sektor formal, pemerintah telah memberikan izin dan memfasilitasi penyelenggaraan pendidikan tafaqquh fiddin tingkat tinggi pesantren yang bernama Ma’had Aly dengan tetap mempertahankan ciri khas pesantren. Pada tahun 2016, Pemerintah Indonesia melalui Kementerian Agama Republik Indonesia mengeluarkan izin kepada 13 pesantren dari seluruh Indonesia untuk menyelenggarakan program pendidikan sarjana dengan nama Ma’had Aly dimana salah satunya adalah Ma’had Aly MUDI Mesjid Raya Samalanga.
Sebagai wujud perhatian pemerintah dalam rangka pengembangan pesantren dan meningkatkan daya guna lulusan pesantren dalam sektor formal, pemerintah telah memberikan izin dan memfasilitasi penyelenggaraan pendidikan tafaqquh fiddin tingkat tinggi pesantren yang bernama Ma’had Aly dengan tetap mempertahankan ciri khas pesantren. Pada tahun 2016, Pemerintah Indonesia melalui Kementerian Agama Republik Indonesia mengeluarkan izin kepada 13 pesantren dari seluruh Indonesia untuk menyelenggarakan program pendidikan sarjana dengan nama Ma’had Aly dimana salah satunya adalah Ma’had Aly MUDI Mesjid Raya Samalanga.
Ma’had Aly MUDI Mesjid Raya Samalanga telah didirikan pada hari Sabtu 10 Sya’ban 1430 H/01 Agustus 2009 M oleh Abu Syekh H. Hasanoel Bashry HG setelah melalui rapat pengurus secara mendalam dan intensif. Meskipun telah sempat menjalankan program pendidikannya, namun karena ada perubahan regulasi dari Pemerintah seiring terbitnya izin resmi pada tahun 2016 bersama 12 Ma’had Aly lainnya di Indonesia, Ma’had Aly MUDI Mesjid Raya Samalanga melakukan penyesuaian dan mengikuti mekanisme yang ada di Kementerian Agama Republik Indonesia. Abu Syekh H. Hasanoel Bashry selaku pengasuh pondok pesantren telah melantik Abi H. Zahrul Mubarrak HB, M.Pd selaku Mudir Ma’had Aly.
Untuk menjaga mutu dan kualitas pendidikan di Ma’had Aly, tidak semua santri berkesempatan mengikuti program pendidikan Ma’had Aly. Mereka diharuskan mengikuti serangkaian seleksi dengan kualifikasi dan kompetensi tertentu. Saat ini, dari 4565 jumlah santri MUDI, ada 306 orang yang tercatat sebagai mahasantri yang mengikuti program pendidikan Ma’had Aly. Sejak pertama mendapatkan izin resmi penyelenggara Ma’had Aly pada tahun 2016 Ma’had Aly MUDI Mesjid Raya sudah meluluskan sebanyak 40 mahasantri Ma’had Aly yang terdaftar sebagai angkatan pertama. Sekarang di Ma’had aly sudah memiliki 6 angkatan.
Ma’had Aly MUDI Mesjid Raya Samalanga menyelenggarakan program pendidikan Ma’had Aly takhassus fiqh wa ushuluh dengan distingsi fiqh nazhair wa tathbiquh. Distingsi ini dimaksudkan untuk mempersiapkan lulusan Ma’had Aly sebagai praktisi fiqh yang mampu untuk melakukan upaya ilhaq wa takhrij, yaitu menganalisa teks-teks turats secara mendalam dan komprehensif sehingga dapat dijadikan acuan dalam menjawab berbagai problematika aktual umat. Pemilihan distingsi ini sesuai dengan sejarah pesantren MUDI Mesjid Raya Samalanga yang sudah sejak dulu menitikberatkan pada bidang bahtsul masail dan ilhaq wa takhrij. Selain itu, lewat distingsi ini diharapkan lulusan Ma’had Aly akan dapat berkontribusi secara keilmuan, penelitian dan pengabdian bagi terlaksananya syariat Islam yang dijalankan di provinsi Aceh.