Ma’had Aly MUDI Mesjid Raya Samalanga didirikan pada tanggal 10 Sya’ban 1430 H/01 Agustus 2009 M oleh Abu Syekh H. Hasanoel Bashry HG setelah melalui serangkaian rapat pengurus yang mendalam dan intensif. Seiring perubahan regulasi dari Pemerintah pada tahun 2016, Ma’had Aly tersebut melakukan penyesuaian dengan mengikuti mekanisme yang ditetapkan oleh Kementerian Agama Republik Indonesia.
Abu Syekh H. Hasanoel Bashry sebagai pengasuh pondok pesantren kemudian melantik Abi H. Zahrul Mubarrak HB, M.Pd sebagai Mudir Ma’had Aly, memastikan kelancaran program pendidikan di lembaga tersebut dan memenuhi persyaratan resmi yang diperlukan.