Ma’had Aly MUDI Mesjid Raya Samalanga telah didirikan pada hari Sabtu 10 Sya’ban 1430 H/01 Agustus 2009 M oleh Abu Syekh H. Hasanoel Bashry HG setelah melalui rapat pengurus secara mendalam dan intensif. Meskipun telah sempat menjalankan program pendidikannya, namun karena ada perubahan regulasi dari Pemerintah seiring terbitnya izin resmi pada tahun 2016 bersama 12 Ma’had Aly lainnya di Indonesia, Ma’had Aly MUDI Mesjid Raya Samalanga melakukan penyesuaian dan mengikuti mekanisme yang ada di Kementerian Agama Republik Indonesia. Abu Syekh H. Hasanoel Bashry selaku pengasuh pondok pesantren telah melantik Abi H. Zahrul Mubarrak HB, M.Pd selaku Mudir Ma’had Aly.