Pada hari Sabtu 10 Sya’ban 1430 H/01 Agustus 2009 M secara resmi Ma’had Aly MUDI Mesjid Raya resmi didirikan dengan merujuk pada landasan yuridis PMA yang ada saat itu. Dalam perjalanan waktu pengkaderisasian ulama melalui lembaga pendidikan tinggi ini, pada hari Senin, tanggal 30 Mei 2016, Kementerian Agama menerbitkan Izin Pendirian Ma’had Aly kepada 13 Pondok Pesantren di seluruh Indonesia yang dikukuhkan melalui Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 3002 Tahun 2016. Dari 13 Pondok Pesantren tersebut, Ma’had Aly MUDI Mesjid Raya dengan program takhasus “Fiqh wa Ushuluhu” (Fiqh dan Ushul Fiqh) adalah satu-satunya Ma’had Aly dari Provinsi Aceh yang berhasil mendapatkan Izin Pendirian Ma’had Aly untuk jenjang Marhalah Ula (M1). Perkembangan selanjutnya di dapat dengan menjadi satu-satunya Ma`had Aly di luar Pulau Jawa yang mendapatkan Akreditasi mumtaz (A), berdasarkan SK Nomor 598 Tahun 2020 Tentang Hasil Penilaian dan Evaluasi Penyelenggaraan Ma`had Aly. Beranjak dari ini Ma’had Aly MUDI Mesjid Raya mengusulkan penyelenggaraan M2 (jenjang magister), alhamdulillah dengan semangat dan doa dari berbagai unsur, Ma’had Aly MUDI Mesjid Raya berhasil mendapatkan izin penyelenggaraan M2 pada 16 Maret 2021 yang dituangkan dalam Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam No 1441 Tahun 2021 Tentang izin penyelenggaraan program magister (marhalah tsaniyah) pada Ma’had Aly MUDI Mesjid Raya Samalanga Bireuen-Aceh.

Dengan membawa semangat ruhul ma’had, diharapkan lulusan dari Ma’had Aly MUDI Mesjid Raya mampu mencerminkan dan tereslisasinya kaderisasi ulama dalam bidang keilmuan fiqh al-nazhair wa tathbiquh, sehingga lulusan dari Ma’had Aly MUDI Mesjid Raya bisa berkiprah untuk memajukan kesejahteraan umum dan mencerdaskan kehidupan bangsa Indonesia baik sebagai praktisi maupun akedemisi. Tentunya pendidikan jenjang magister ini menjadi bekal dalam bentuk merawat tradisi sanad keilmuan dan terus berinovasi untuk mampu beradaptasi dengan perkembangan ilmu pengetahuan.

Visi

Sebagai pusat kajian fiqh dan pengembangan kualitas ulama dalam bidang keilmuan fiqh al-nazhair wa tathbiquh yang bereputasi nasional dan internasional pada tahun 2030.

Misi

• Melaksanakan kajian kitab turats dengan menitik beratkan pada studi fiqh al-nazha`ir.
• Melaksanakan penelitian dengan menitik beratkan pada studi fiqh al-nazha`ir.
• Melaksanakan pengabdian dengan menitik beratkan pada studi fiqh al-nazha`ir.
• Melaksanakan kerja sama dalam bidang pengembangan keilmuan, penelitian, dan pengabdian tingkat nasional dan internasional.

1. Pendidikan diselenggarakan dengan perpaduan sistem khataman dan kredit semester
2. Tahfidh kitab thurats
3. Pelatihan penyusunan qanun/legal drafting, mubahasah, dan penyusunan draf mubahahasah
4. Metode syarh, hasyiah, dan ta’liq kitab thurats
5. Daurah/suluk kitab thurats
6. Bahts ilmi dan penelitian terhadap manuskrip nusantara